Team BOINC Macbidouille, Calcul distribué, aider la recherche chez soi.

[bad_duck]

bugs974 : je rappelle que les images sont normalement interdites dans les signatures, la tienne est bien trop grosse pour être conservée, il faut la supprimer.
Merci

[schlum]

Oui, merci de ne pas mettre les stats BOINC dans les signatures, ces images sont bien trop grandes

[Mr Bob]

Comment des calculs sur ordinateur peuvent trouver un remède à un cancer?

Et sinon je me lancerai dès que j'aurai retrouvé la civilisation et l'ADSL

[fransoi78]

Je vais te donner un exemple d'utilité de la modélisation par ordinateur. C'est ce qui demande énormément de ressources.
Par exemple si tu sais que la protéine X est la cause d'une maladie tu voudras connaître sa structure 3D pour créer un médicament. Sur une protéine tu as deux partie : le site actif qui peut se lier à un récepteur ce qui permet à la protéine X d'avoir un effet. Apres il y a le reste de la protéine qui "n'a pas de fonction directe".

Un médicament c'est la même structure 3D que le site actif de la protéine X mais il est beaucoup moins gros que X ce qui lui permet d'être mis dans des comprimé et de guérir.

La modélisation par ordinateur peux servir pour connaître la structure 3D de la protéine et aussi de créer un médicament à partir de la structure 3D du site actif.
Tu peux étudier la structure de ta protéine par cristallographie, ou par (un autre truc mais j'ai oublié son nom). Ces deux méthodes sont assez difficile à mettre en oeuvre pour de grosses protéines et les résultats sont compliqués.
Apres il y a "plus simple" :
En labo, tu peux réussir à connaître la séquence en acides aminé d'un protéine (en gros sa composition). Une fois que tu connais sa composition tu fais appel à l'ordinateur qui va mettre en 3D la séquence d'acides aminées. Ca demande beaucoup de ressources informatiques. C'est là que nous intervenons...


Pour ce que ça intéresse : l'ordinateur arrive à connaître la structure exacte de la protéine car dans la nature les protéines se "mettent en 3D" en utilisant le moins d'énergie possible. Donc ton (mon, nos, leurs, ...) mac va créer et analyser une structure 3D de la protéine (il y a des millions de combinaisons) et celle qui nécessitera le moins d'énergie pour se mettre en forme sera dans 100% des cas la forme réel de la protéine.

Ai je répondu à ta question?

[Mr Bob]

Ah ok… oui ça répond totalement. Je pense qu'en 56K on sert pas à grand chose (histoire de savoir si je le fais dès maintenant).

[fransoi78]

Attends l'ADSL tu galerera moins !

[gpv]

Salut,
l'ADSL n'est pas obligatoire pour participer au calcul distribué, les données à traiter sont téléchargées au début du calcul, et les résultats envoyés lorsque les calculs sont finis.
Entre le chargement des données et l'envoi des résultats, l'ordinateur n'as pas besoin d'être connecté à internet.
Les calculs prenant de quelques dizaines de minutes à quelques heures, voir quelques mois dans le cas de "Climateprediction.net", ce n'est pas une liaison à 56k qui va ralentir le traitement des données.
Mais, comme l'ordinateur envoie beaucoup de données, il vaut mieux avoir une liaison "illimitée" pour ne pas payer un supplément pour l'upload.

J'espère avoir été utile

[fransoi78]

J'espère avoir été utile

Oui, ca justifie ma réponse.

[fransoi78]

Bonjour,
Pour ceux qui sont inscrit à YoYo@Home dans le cadre du RAID (une arrivée massive d'une duree déterminée de membre de l'AF) sachez que le RAID prend fin demain. Si vous souhaitez ne plus participer vous pouvez supprimer le projet de BOINC (ou BOINC Stats BAM pour ceux l'utilisant) et rejoindre d'autre projet qui vous tiendront plus à coeur comme la recherche contre le Cancer, le Sida (AIDS),... La liste complete des sujet ici.

[Heyoka]

Je viens d'ajouter la description des équipes du Pommier et Macbidouille.com :

http://www.boinc-af.org/content/section/7/179/

Ah ok… oui ça répond totalement. Je pense qu'en 56K on sert pas à grand chose (histoire de savoir si je le fais dès maintenant).

Il y a des projets assez adaptés pour le bas débit.

Einstein@home : 100 Mo par mois soit 3 Mo par jour
Ensemble, découvrons un médicament contre la dengue : 150 Mo par mois (5 Mo par jour)

Avec ces projets en 10 minutes de chargement en 56k tu peux avoir assez de travail pour 1 jour.
Si tu es en 56k illimité ça ne doit pas poser tellement de problèmes, soit tu laisse le modem allumé, soit tu configure Boinc pour qu'il se connecte quand il a besoin de travail ou de renvoyer les résultats.
Ou tu télécharge manuellement un paquet de 7 jours de travail, ça prendra 1 heure, mais tu sera tranquille durant ces 7 jours

Ce message a été modifié par Heyoka - 24 Dec 2007, 12:49.

[fransoi78]

Une petite question : quels est le projet, dans cette liste, qui a des petits paquets qui serait traité en 2 ou 3h sur un PPC 1,25 ?
Merci de votre aide.

[m.o.u.s.t.i.c]

@fransois78
si cela peut te permettre une comparaison
je suis inscris sur SIMAP et une UT est traitée en 1H10 en moyenne sur mon mac (voir ma signature)

Petite info sup : j'ai paramétré l'utilisation processeur par BOINC à 95%

Ce message a été modifié par m.o.u.s.t.i.c - 2 Jan 2008, 15:47.

[Heyoka]

Oui SIMAP,
peut être aussi MalariaControl.net et Tanpaku

Ce message a été modifié par Heyoka - 2 Jan 2008, 16:38.

[drakeramore]

Ou MilkyWay (environ 15 minutes sur mon Dual G5), amis ils ont l'air plantés là tout de suite, j'arrive pas à avoir de nouvelles unités.

[schlum]

Oui SIMAP,
peut être aussi MalariaControl.net et Tanpaku

MalariaControl n'est pas compatible PPC... J'en ai fait les frais

[BombX]

Les wu les plus courtes que je connaisse : en phisico-chimie il y a Leiden, en math ABC.

[CRISTOBOOL2]

Salut à tous je viens de m'inscrire dans la mini-team Sur les projets auquels je participe ou j'ai participé

Essentiellement Einstein@Home et SETI (40 000 chacun environ ); un peu de World community grid et une goutte de leiden classical (9 credits c'est dire ! )

Ce message a été modifié par CRISTOBOOL2 - 3 Jan 2008, 11:58.

[Heyoka]

Vos confrère de MacPlus viennent de mettre une actualité sur BOINC : http://www.macplus.net/magplus/depeche-164...ne-bonne-action

C'est le moment de les motiver pour qu'ils rejoignent le Pommier, et pour que vous puissiez faire une compétition amicale entre les 2 forums
Le Pommier se rapproche de jour en jour de la barre des 100.000 points/jour, ce qui serait la 5ème plus grosse puissance de calcul de l'Alliance Francophone. On voit qu'il y a de la puissance chez la pomme.

Ou MilkyWay (environ 15 minutes sur mon Dual G5), amis ils ont l'air plantés là tout de suite, j'arrive pas à avoir de nouvelles unités.

Il faut peut être essayer d'annuler le tranfert des unités bloquées

Ce message a été modifié par Heyoka - 3 Jan 2008, 21:32.

[drakeramore]

Ou MilkyWay (environ 15 minutes sur mon Dual G5), amis ils ont l'air plantés là tout de suite, j'arrive pas à avoir de nouvelles unités.

Il faut peut être essayer d'annuler le tranfert des unités bloquées

Non, ils étaient bel et bien plantés, à court de WU
C'est reparti ce matin

[fransoi78]

J'ai ajouté de petites choses sur le premier post.

Ce message a été modifié par fransoi78 - 4 Jan 2008, 19:00.

[fransoi78]

Sur le forum de l'AF il y a deux sujets "consacré" à la team Boinc MacBidouille : Team MacBidouille et personnes venant à notre secours.


Allez y pour résoudre vos problemes et aider ceux de MB qui pourrait avoir des soucis.


Ce message a été modifié par fransoi78 - 5 Jan 2008, 12:09.

[BombX]

bienvenue à cristobool2 ([AF>Le_Pommier>Macbidouille.com]CRISTOBOOL) et à vlurk ([AF>Le_Pommier>MacBidouille.com] vlurk) qui ont rejoint l'équipe macbidouille très récément avec pas mal de crédits

[Heyoka]

Nouveau projet disponible pour les MAC :

POEM@home

C'est un projet allemand du Groupe de prédiction des structures moléculaires, centre de recherche de Karlsruhe.

Prédiction de la structure des protéines par l'utilisation de l'hypothèse "thermodynamique" de Anfinson.

Les maladies étudiées : Alzheimer, la Cécité des rivières, le Cancer, le Paludisme/Malaria, l'Onchocercose.


URL du projet : http://boinc.fzk.de/poem/

INSCRIPTION

Au niveau technique, POEM a un avantage par rapport à Rosetta@home, il utilise beaucoup moins de mémoire vive (entre 30 et 60 Mo par unité calculée). Il faut rendre ses unités 7 jours après les avoir reçues

Ce message a été modifié par Heyoka - 13 Jan 2008, 14:25.

[CRISTOBOOL2]

Merci Bombx et à la team

La cécité des rivières ? marrant je n'avais jamais entendu parler de cette pathologie sous ce nom ;

PS:Cécité des rivières=onchocercose c'est une maladie parasitaire transmise par une mouche la simulie

Ce message a été modifié par CRISTOBOOL2 - 13 Jan 2008, 22:58.

[CLM]

C'est malheureusement encore un projet Mac Intel !
Pourtant, il y a un parque de G4/G5 non négligeable, même si, je pense que c'est la raison, l'optimisation SSE, étant faite une fois, doit être plus facile à porter sur les autres systèmes que de la refaire pour altivec.

[fransoi78]

Un nouveau raid est prévu sur YoYo@Home. Si vous le souhaitez vous pouvez mettre entre parenthèse les autres projets le temps du RAID.

[BombX]

Salut à tous,

L'arrivée de la team macbidouille a donné un serieux coup de pouce à l'AF, en particulier lors du RAID sur le projet yoyo@home. La première place a été conquise.

Depuis lors, l'équipe passée en deuxième position tente un retour. Une remobilisation des mini-team de l'AF est proposée pour conserver la première place, voir ce lien. A vos CPU !

(tout ceci pour faire progresser la science bien entendu ).

[EDIT] grillé par fransoi

Ce message a été modifié par BombX - 16 Jan 2008, 17:14.

[fransoi78]

Désolé

[BombX]

Bienvenu à mfx qui nous a rejoint hier et qui apparait dans les mouvements d'aujourd'hui :
http://www.myboinc.com/scores/buildMTmove....ACBIDOUILLE.COM
et directement à la 97ème position dans les stats :
http://www.myboinc.com/scores/mt_t_MACBIDOUILLE.COM.php
Je pense que c'est un ancien de distributed.
N'hésite pas à poser des questions, les membres de la team macbidouille seront ravi d'y répondre

Ce message a été modifié par BombX - 23 Jan 2008, 11:30.

[Mfx]

Bienvenu à mfx qui nous a rejoint hier et qui apparait dans les mouvements d'aujourd'hui :
http://www.myboinc.com/scores/buildMTmove....ACBIDOUILLE.COM

Merci

et directement à la 97ème position dans les stats :
http://www.myboinc.com/scores/mt_t_MACBIDOUILLE.COM.php
Je pense que c'est un ancien de distributed.

Vivi... depuis un bon moment...

N'hésite pas à poser des questions, les membres de la team macbidouille seront ravi d'y répondre

Ben, des questions, j'en ai eu hier soir pas mal pour la configuration. L'inscription au projet est tout sauf claire et aisée... Mais en persévérant un peu, j'ai dû y arriver

Autres questions : que deviennent les stats accumulées pour la Team MacBidouille ? Moyen de les transférer sur la mini team ?
Et que faire des calculs que je fais sur des postes où je ne souhaite pas installer Boinc ?