Team BOINC Macbidouille, Calcul distribué, aider la recherche chez soi.

[fransoi78]

Le Dimanche 25 Mai 2008

La Mini-Team MacBidouille est 15ème dans l'Alliance Francophone
et comporte 175 Membres dont 83 actifs

Bonjour,
Donc il me semblait pas mal d’ouvrir un nouveau sujet à propos du calcul distribué. Dans ce premier message, je vais essayer de regrouper toutes les infos à ce sujet.

Pour commencer, le calcul distribué est un outil pour la recherche : les scientifiques qui ont de grosse masse de calculs à réaliser se tournent soit vers de super calculateur qui sont payant soit vers le calcul distribuer pour réaliser un énorme calcul sous forme d’une somme de petits calculs. Chacun d’entre nous peux télécharger un petit programme qui va réaliser un petit bout de calcul pour les recherches scientifiques. C’est ce que fait BOINC.

Autour de ceci est apparue des équipes qui comptabilisent la somme de calculs que chaque participant réalise pour donner un classement. MacBidouille pourrait créer sa propre équipe mais ce n’est pas ce qui a été retenu, le choix a été fait de rejoindre l’alliance francophone qui gère à l'intérieur de cette grande équipe des “mini team”. Pour corser un peu le tout MacBidouille est un sous-ensemble de la “mini team” Le Pommier, ce qui permet à d’autres fans de la pomme de créer une team et en même temps de connaître les stats de l’ensemble de la communauté Mac.

Si vous ne disposer pas de compte pour participer au projet BOINC vous pouvez nous rejoindre en utilisant ce tutoriel. Vous pourrez commencer à calculer pour le projet Yoyo@Home. Si ce projet ne vous convient pas vous pourrez en choisir d'autres sur le theme de l'astronimie, de la biologie, écologie, Math ou physique chimie.

Quelques petites infos complémentaires :
- Concrètement donc, votre ordinateur va faire des calculs pendant que vous ne l'utilisez pas. Vous ne vous en rendrez même pas compte car la priorité est très basse pour éviter de gêner. Votre processeur tournera donc à 100% en permanence : x% parce que vous l'utilisez, le reste pour Boinc. Et si vous utilisez 100% (rendu photo ...), Boinc se met à 0% pour ne pas vous ralentir.
- ça n'abîme pas le processeur : il est conçu pour ça. C'est juste qu'on ne l'utilise en moyenne qu'à 15 ou 20% de ses possibilités.
- ça ne gêne pas le travail : le principe est que ça ne calcule QUE lorsque la puissance est disponible. Sinon, ça ne fait rien et vous laisse travailler.
- ça fait chauffer l'ordinateur : sur un portable, oui. Sur un PC, souvent. Sur un Mac aussi ... mais moins.

Lorsque vous aurez commencer à calculer avec BOINC vous pourrez suivre vos stats ici. Vous aurez aussi la possibilité de gérer les différents paramètres de BOINC avec une interface WEB : BoincStat.com. C'est très utile lorsque vous avez plusieurs machines qui utilisent BOINC et que vous voulez toutes les paramètrer.

Nous avons aussi le problème de l’écologie. Le processeur de votre ordinateur étant sollicité en permanence il consommera plus d’énergie. Un mac est capable de se downclocké pour moins consommer (ex: Même un Mac Pro octo 3 GHz repasse à 1 GHz sur ses coeurs s'ils sont peu sollicités), après c’est a vous de voir pendant combien de temps vous allez laisser votre mac tourner.
Quelques infos sur le consomation des Macs.

N'hésitez pas à nous rejoindre...

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Maintenant voici un résumé de ce qui se passe dans ce Topic (ou celui des news) :

19/12/2007 :
Biologie
Ensemble, découvrons un médicament contre la dengue (World Community Grid) : Découvrir un traitement contre les virus du Nil occidental, de la Dengue, de l'hépatite C et de la fièvre jaune (Etats-Unis)
FightAids (World Community Grid) : Découvrir un vaccin contre le SIDA (Etats-Unis)
Help Conquer Cancer (World Community Grid) : analyser des images ( 86 millions ) représentant 9 400 proteines suspectées de jouer un rôle dans le développement de différents cancers (Canada)
Human Proteome Folding 2 (World Community Grid) : Prévision de la structure des protéines (Etats-Unis)
Lattice Project : classification phylogénétique, calcul des domaines Pfam (Etats-Unis)
MalariaControl.net (uniquement Intel) : Modèle de simulation de la transmission et des conséquences sur la santé du paludisme (Suisse)
Rosetta@home : Modélisations de protéines pour à terme aider les chercheurs à développer des traitements pour lutter contre certaines maladies (Etats-Unis)
SIMAP : Calcul des similitudes et des domaines de protéines (Allemagne)
TANPAKU : Prévision de la structure des protéines par simulation du mouvement brownien (Japon)


A prévoir le projet français du Decrypthon, Lutte contre la dystrophie musculaire à partir de Juin 2008 sur World Community Grid


Astronomie
Einstein@home : Détection des ondes gravitationnelles émises par les pulsars. (Allemagne, Etats-Unis, Italie)
Milkyway@home : Modéliser et décrire l'évolution de notre Galaxie, la Voie Lactée. (Etats-Unis)
Seti@home : Recherche de fréquences dans l'univers : anomalies dans l'espace générant du "bruit" (pulsars...) ou civilisations extraterrestres. (Etats-Unis)

Physique
Leiden Classical : Modèles de mécanique classique à disposition des étudiants de l'université de Leyde (Pays-Bas)

Climatologie
APS@home (peu d'unité à calculer) : Recherches sur la dispersion atmosphérique de l'énergie, des gaz, et des particules émises par un écosystème (Grande-Bretagne)
ClimatePrediction.net (uniquement Intel) : Modélisation du climat du XXIème siècle (Grande-Bretagne)

Mathématiques
ABC@home : Trouver tous les triplets abc jusqu'à 10^15 (Pays-Bas)
Sztaki Desktop Grid : Trouver tous les systèmes de numération binaire généralisés jusqu'à la 11ème dimension (Hongrie)
Traveling Salesman Problem : comment visiter 48 capitales américaines en parcourant une distance minimale (Etats-Unis)
WEP-M+2 Project (PPC uniquement) : nombres premiers de la forme Mersenne+2, donc (2^p-1)+2, soit 2^p+1. (Grande-Bretagne)
yoyo@home : Déterminer la façon optimale de placer 25 marques selon la règle de Golomb. (Allemagne)

Mathématiques - Histoire
Enigma@Home : Casser le chiffrage de 3 messages codés par Enigma en 1942 (Pologne)

Mathématiques Loisirs
Sudoku : Déterminer le nombre minimum de cases dévoilées pour garantir une solution unique dans une grille de Sudoku (Autriche)

La Team MacBidouille comporte 120 membres. (126 samedi 21)




21/12/2007
Si vous souhaiter paramètrer BOINCManager (l'application) sur plusieurs ordinateurs vous pouvez utiliser BAM , boincstudio ou grid republic. Ils vous permettent depuis une interface WEB de gérer les connexions au projets, la répartition des ressources sur chaque ordinateurs, les ressources de voir les ordinateurs lié au compte, voir les stats, ...

Pour le moment seul un mini tuto est disponible pour utiliser BAM.
Un tuto sur l'utilisation de BAM. sur le blog du Pommier (BOINC)?



24/12/2007
Demain (25 decembre 2007) fin du RAID YoYo@Home de l'AF. Suite ici



04/01/2008
Une petite chose oubliée : le sujet à propos de BOINC issu de la News de Lionel. Il y a des infos importantes pour le fonctionnement et l'utilisation de BOINC.
Pour les personnes qui se sont inscrites sur les projets du WCG ou seti@home, les stats et "l'intégration" de votre machine met au moins 24h à apparaître dans les stats BoincStat.com ou l'AF.
Pou ceux qui nous ont rejoint il y a quelques temps il y a une nouvelle version de BOINC Manager disponible, elle est dispo ici.
Sinon pour les bidouilleurs, le boinc manager existe en mode console (pas de perte de cpu à afficher "l'écran de veille", mais c'est vrai que c'est sympa de suivre ses calculs avec), il est téléchargeable sur cette même page. Vous le repérerez en regardant la dernière colonne il y a : "Core client only (command-line)".
Sinon si vous souhaitez mettre BOINC sur plusieurs ordinateurs (PC et MAC) vous pouvez télécharger BOINC ici., il se configurera de la meme manière que BOINC sur Mac. Vous aurez donc plusieurs ordinateurs sur le même compte : à voir ici. Il y a des PC et bien sur plusieurs Mac sur ce compte.

Sur le forum de l'AF il y a deux sujets "consacré" à la team Boinc MacBidouille : Team MacBidouille et personnes venant à notre secours.



13/01/2008
Un nouveau projet est dispo : POEM@home. C'est un projet allemand du Groupe de prédiction des structures moléculaires, centre de recherche de Karlsruhe.
Prédiction de la structure des protéines par l'utilisation de l'hypothèse "thermodynamique" de Anfinson.
Les maladies étudiées : Alzheimer, la Cécité des rivières, le Cancer, le Paludisme/Malaria, l'Onchocercose.
Le projet et pour s'inscrire.

Merci à Heyoka


25/01/2008
Depuis 2 jours, il y a un nouveau raid sur le projet YoYo@Home. En effet, sur ce projet, l'AF est en compétition avec le Seti Germany (SG). Par exemple : ce matin à 7h30 la différence de point entre l'AF et le SG est de 460 545. Ce qui représente une différence de l'ordre de 2%. Sachant que le SG marque actuellement 40 000 points de plus par jour, ce qui nous laisse 10 jours d'avance. L'écart diminue donc nous ne devrions pas être doublé.
C'est pour cela que l'AF a lancé un RAID pour pouvoir conserver cette avance et pourquoi pas l'augmenter. Si vous n'avez pas de projet qui vous tienne à coeur, vous pouvez mettre de côté vos projets et mettre exclusivement YoYo@Home. Sinon vous pouvez mettre en parallèle YoYo et vos projets.
Pour le moment il n’y a pas de date de fin prévue, cela dépendra de la réaction du SG.

A vos Mac…...
Forum AF / Stats sur "l'affrontement".


Tutos et Scripts
A la demande de m.o.u.s.t.i.c et pour faire avancer la communauté Mac sur BOINC :
- Paramétrer Boinc stats BAM?, un gestionnaire de compte pour "administrer" BOINC sur une ou plusieurs machines.

- Script "officiel" (http://boinc.berkeley.edu) pour lancer BOINC en daemon : Léopard (10.5.X) : Fichier à télécharger

- Script pour lancer BOINC en daemon au démarrage du mac (lancement même sans session ouverte) : Tiger (10.4.X) et Léopard (10.5.X).

- Enlever l'icône BOINC du dock by M.o.u.s.t.i.c

En daemon = processus qui s'exécute en tache de fond, non visible par l'utilisateur.

- Applications optimisées pour MilkyWay (Intel uniquement) : le tuto (merci McRoger) et les fichers pour Core Duo et pour Core 2 Duo.

Le Blog du Pommier pour BOINC a ouvert depuis quelques temps vous y retrouverez toute l'actualité ainsi que des tutoriels.

Le Blog du Pommier (BOINC)

Ce message a été modifié par fransoi78 - 20 Nov 2009, 15:11.

[guerom00]

Dis donc… Si vous avez des cycles CPU en trop, je peux vous donner du boulot moi

[gpv]

Salut,
Je viens de voir que notre pommier a une nouvelle branche :
[AF>Le_Pommier>Team eDF]

Dis donc… Si vous avez des cycles CPU en trop, je peux vous donner du boulot moi

Pas de problème,
si tu crée un nouveau projet BOINC, je l'ajouterai à ceux auquels je participe déjà.

[bugs974]

Salut,
Je viens de voir que notre pommier a une nouvelle branche :
[AF>Le_Pommier>Team eDF]

pas une nouvelle branche.
Juste un ralliement.

mon précédent pseudo était:
[AF>OSX>Team eDF] bugs631

J'étais un peu seul dans la mini team OSX, j'ai donc rejoint le pommier...
et il est possible de faire parti de plusieurs teams, la preuve.
Mon équipe de départ (Team eDF) existait déjà à l'époque de "Seti@home classic", c'est à dire avant la création de BOINC...




Pour les sétiseurs, des clients optimisés sont dispo ici:
http://tbp.berkeley.edu/%7Ealexkan/seti/

Le mode d'emploi, lui est là:
http://www.boinc-af.org/index.php?option=c...&Itemid=156

[Heyoka]

Est ce que quelqu'un pourrait me donner une description du site Macbidouille, pour le mettre dans la liste des composantes de l'AF. Eventuellement aussi le logo et les liens que vous voulez voir figurer

http://www.boinc-af.org/content/section/7/179/

[schlum]

http://fr.wikipedia.org/wiki/Macbidouille

Fichier(s) joint(s)

 3.jpg ( 17.72 Ko ) Nombre de téléchargements : 146
 5.jpg ( 4.06 Ko ) Nombre de téléchargements : 170

 

[power PC]

Salut,
Je viens de voir que notre pommier a une nouvelle branche :
[AF>Le_Pommier>Team eDF]

pas une nouvelle branche.
Juste un ralliement.

mon précédent pseudo était:
[AF>OSX>Team eDF] bugs631

J'étais un peu seul dans la mini team OSX, j'ai donc rejoint le pommier...
et il est possible de faire parti de plusieurs teams, la preuve.
Mon équipe de départ (Team eDF) existait déjà à l'époque de "Seti@home classic", c'est à dire avant la création de BOINC...




Pour les sétiseurs, des clients optimisés sont dispo ici:
http://tbp.berkeley.edu/%7Ealexkan/seti/

Le mode d'emploi, lui est là:
http://www.boinc-af.org/index.php?option=c...&Itemid=156

j'ai téléchargé le client optimisé, lancé l'application mais ça change rien dans la rapidité de calcul c'est normal?

[fransoi78]

Lorsque vous aurez commencer à calculer avec BOINC vous pourrez suivre vos stats ici. Vous aurez aussi la possibilité de gérer les différents paramètres de BOINC avec une interface WEB : BoincStat.com. C'est très utile lorsque vous avez plusieurs machines qui utilisent BOINC et que vous voulez toutes les paramètrer.

Pour les personnes intéressées par le paramétrage de l'application BOINC avec BOINC Stats BAM vous avez ici un tutoriel qui vous permet d'utiliser l'interface WEB :


Pour rejoindre BOINC Stats BAM vous n'avez qu'à :

- Vous créer un compte sur http://fr.boincstats.com. Utilisez le même identifiant que celui des projets c'est à dire : [af>le_pommier>macbidouille.com] pseudo
- Vous allez recevoir un email de confirmation.
- Ensuite vous pouvez parametrer sur le Web vos clients BOINCManager.

Mais il faut synchroniser BOINCManager (l'application) avec BOINC stats BAM (l'interface WEB) :

- Ouvrir BOINCManager (c'est l'application que vous avez installé.
- Cliquez sur "Outils"
- Cliquez sur "Rejoindre un gestionnaire de compte".
- Cliquez sur 'Suivant".
- Saisir bam.boincstats.com dans le champs "URL du gestionnaire de compte".
- Attendez
- Saisissez votre identifiant : [af>le_pommier>macbidouille.com] pseudo et votre Mot de passe.
- Cliquez sur "Suivant".
- Puis sur "Fin".

Si les preferences de BOINCManager ne se mettent pas à jour, vous pouvez :
- Cliquez sur "Outils" puis "Synchronisation avec BOINC StatsBAM!".
- Attendez, puis les preferences seront synchronisées.


Si vous avez des questions vous pouvez poster...

Ce message a été modifié par fransoi78 - 21 Dec 2007, 21:18.

[m.o.u.s.t.i.c]

juste pour signaler une erreur de la part de Smylinou,
tu as mis ce tag :
[AF>Le_Pommier>Macbidouille] Smylinou
il faut changer par :
[AF>Le_Pommier>Macbidouille.com] Smylinou
alors Smylinou si tu lis ce message fais la modif

[bugs974]

j'ai téléchargé le client optimisé, lancé l'application mais ça change rien dans la rapidité de calcul c'est normal?

Les temps de calcul sont très variables d'un job à l'autre.
La courbe des statistiques est donc bien souvent en dents de scie.
Pour avoir des tendances pertinentes, il faut bien plusieurs semaines de calcul et de recul...
AMHA, ton RAC sera de 15 à 20% supérieur avec le client optimisé.


Ce message a été modifié par bugs974 - 22 Dec 2007, 17:10.

[bad_duck]

bugs974 : je rappelle que les images sont normalement interdites dans les signatures, la tienne est bien trop grosse pour être conservée, il faut la supprimer.
Merci

[schlum]

Oui, merci de ne pas mettre les stats BOINC dans les signatures, ces images sont bien trop grandes

[Mr Bob]

Comment des calculs sur ordinateur peuvent trouver un remède à un cancer?

Et sinon je me lancerai dès que j'aurai retrouvé la civilisation et l'ADSL

[fransoi78]

Je vais te donner un exemple d'utilité de la modélisation par ordinateur. C'est ce qui demande énormément de ressources.
Par exemple si tu sais que la protéine X est la cause d'une maladie tu voudras connaître sa structure 3D pour créer un médicament. Sur une protéine tu as deux partie : le site actif qui peut se lier à un récepteur ce qui permet à la protéine X d'avoir un effet. Apres il y a le reste de la protéine qui "n'a pas de fonction directe".

Un médicament c'est la même structure 3D que le site actif de la protéine X mais il est beaucoup moins gros que X ce qui lui permet d'être mis dans des comprimé et de guérir.

La modélisation par ordinateur peux servir pour connaître la structure 3D de la protéine et aussi de créer un médicament à partir de la structure 3D du site actif.
Tu peux étudier la structure de ta protéine par cristallographie, ou par (un autre truc mais j'ai oublié son nom). Ces deux méthodes sont assez difficile à mettre en oeuvre pour de grosses protéines et les résultats sont compliqués.
Apres il y a "plus simple" :
En labo, tu peux réussir à connaître la séquence en acides aminé d'un protéine (en gros sa composition). Une fois que tu connais sa composition tu fais appel à l'ordinateur qui va mettre en 3D la séquence d'acides aminées. Ca demande beaucoup de ressources informatiques. C'est là que nous intervenons...


Pour ce que ça intéresse : l'ordinateur arrive à connaître la structure exacte de la protéine car dans la nature les protéines se "mettent en 3D" en utilisant le moins d'énergie possible. Donc ton (mon, nos, leurs, ...) mac va créer et analyser une structure 3D de la protéine (il y a des millions de combinaisons) et celle qui nécessitera le moins d'énergie pour se mettre en forme sera dans 100% des cas la forme réel de la protéine.

Ai je répondu à ta question?

[Mr Bob]

Ah ok… oui ça répond totalement. Je pense qu'en 56K on sert pas à grand chose (histoire de savoir si je le fais dès maintenant).

[fransoi78]

Attends l'ADSL tu galerera moins !

[gpv]

Salut,
l'ADSL n'est pas obligatoire pour participer au calcul distribué, les données à traiter sont téléchargées au début du calcul, et les résultats envoyés lorsque les calculs sont finis.
Entre le chargement des données et l'envoi des résultats, l'ordinateur n'as pas besoin d'être connecté à internet.
Les calculs prenant de quelques dizaines de minutes à quelques heures, voir quelques mois dans le cas de "Climateprediction.net", ce n'est pas une liaison à 56k qui va ralentir le traitement des données.
Mais, comme l'ordinateur envoie beaucoup de données, il vaut mieux avoir une liaison "illimitée" pour ne pas payer un supplément pour l'upload.

J'espère avoir été utile

[fransoi78]

J'espère avoir été utile

Oui, ca justifie ma réponse.

[fransoi78]

Bonjour,
Pour ceux qui sont inscrit à YoYo@Home dans le cadre du RAID (une arrivée massive d'une duree déterminée de membre de l'AF) sachez que le RAID prend fin demain. Si vous souhaitez ne plus participer vous pouvez supprimer le projet de BOINC (ou BOINC Stats BAM pour ceux l'utilisant) et rejoindre d'autre projet qui vous tiendront plus à coeur comme la recherche contre le Cancer, le Sida (AIDS),... La liste complete des sujet ici.

[Heyoka]

Je viens d'ajouter la description des équipes du Pommier et Macbidouille.com :

http://www.boinc-af.org/content/section/7/179/

Ah ok… oui ça répond totalement. Je pense qu'en 56K on sert pas à grand chose (histoire de savoir si je le fais dès maintenant).

Il y a des projets assez adaptés pour le bas débit.

Einstein@home : 100 Mo par mois soit 3 Mo par jour
Ensemble, découvrons un médicament contre la dengue : 150 Mo par mois (5 Mo par jour)

Avec ces projets en 10 minutes de chargement en 56k tu peux avoir assez de travail pour 1 jour.
Si tu es en 56k illimité ça ne doit pas poser tellement de problèmes, soit tu laisse le modem allumé, soit tu configure Boinc pour qu'il se connecte quand il a besoin de travail ou de renvoyer les résultats.
Ou tu télécharge manuellement un paquet de 7 jours de travail, ça prendra 1 heure, mais tu sera tranquille durant ces 7 jours

Ce message a été modifié par Heyoka - 24 Dec 2007, 12:49.

[fransoi78]

Une petite question : quels est le projet, dans cette liste, qui a des petits paquets qui serait traité en 2 ou 3h sur un PPC 1,25 ?
Merci de votre aide.

[m.o.u.s.t.i.c]

@fransois78
si cela peut te permettre une comparaison
je suis inscris sur SIMAP et une UT est traitée en 1H10 en moyenne sur mon mac (voir ma signature)

Petite info sup : j'ai paramétré l'utilisation processeur par BOINC à 95%

Ce message a été modifié par m.o.u.s.t.i.c - 2 Jan 2008, 15:47.

[Heyoka]

Oui SIMAP,
peut être aussi MalariaControl.net et Tanpaku

Ce message a été modifié par Heyoka - 2 Jan 2008, 16:38.

[drakeramore]

Ou MilkyWay (environ 15 minutes sur mon Dual G5), amis ils ont l'air plantés là tout de suite, j'arrive pas à avoir de nouvelles unités.

[schlum]

Oui SIMAP,
peut être aussi MalariaControl.net et Tanpaku

MalariaControl n'est pas compatible PPC... J'en ai fait les frais

[BombX]

Les wu les plus courtes que je connaisse : en phisico-chimie il y a Leiden, en math ABC.

[CRISTOBOOL2]

Salut à tous je viens de m'inscrire dans la mini-team Sur les projets auquels je participe ou j'ai participé

Essentiellement Einstein@Home et SETI (40 000 chacun environ ); un peu de World community grid et une goutte de leiden classical (9 credits c'est dire ! )

Ce message a été modifié par CRISTOBOOL2 - 3 Jan 2008, 11:58.

[Heyoka]

Vos confrère de MacPlus viennent de mettre une actualité sur BOINC : http://www.macplus.net/magplus/depeche-164...ne-bonne-action

C'est le moment de les motiver pour qu'ils rejoignent le Pommier, et pour que vous puissiez faire une compétition amicale entre les 2 forums
Le Pommier se rapproche de jour en jour de la barre des 100.000 points/jour, ce qui serait la 5ème plus grosse puissance de calcul de l'Alliance Francophone. On voit qu'il y a de la puissance chez la pomme.

Ou MilkyWay (environ 15 minutes sur mon Dual G5), amis ils ont l'air plantés là tout de suite, j'arrive pas à avoir de nouvelles unités.

Il faut peut être essayer d'annuler le tranfert des unités bloquées

Ce message a été modifié par Heyoka - 3 Jan 2008, 21:32.

[drakeramore]

Ou MilkyWay (environ 15 minutes sur mon Dual G5), amis ils ont l'air plantés là tout de suite, j'arrive pas à avoir de nouvelles unités.

Il faut peut être essayer d'annuler le tranfert des unités bloquées

Non, ils étaient bel et bien plantés, à court de WU
C'est reparti ce matin

[fransoi78]

J'ai ajouté de petites choses sur le premier post.

Ce message a été modifié par fransoi78 - 4 Jan 2008, 19:00.