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Écrit par : Wanaga3166 13 Jan 2019, 18:05

Bonjour,

J'ai un macbook pro 15'' retina 2014.

J'ai téléchargé un programme de bioinformatique intitulé BWA (http://bio-bwa.sourceforge.net) et que j'ai installé dans un répertoire Documents/tools/BWA. L'exécution de ce script s'effectue en faisant: ./bwa ou bwa

Je souhaite pouvoir exécuter ce programme et ses arguments dans n'importe quel répertoire en ligne de commande.

J'ai donc ajouter un repertoire au path de mon macOS. J'ai procédé de la manière suivante:

J'ai regardé le contenu de mon PATH avec :

J'ai ensuite édité le fichier .bash_profile en ajoutant l'adresse du répertoire de mes scripts en utilisant ce code:



Malgré cela, il est impossible de lancer les script en ligne de commande n'importe où dans le répertoire. Que faire ?

Merci de votre aide.

Écrit par : jeanjd63 13 Jan 2019, 19:20

Salut

Quel est le message quand tu exécutes le pgm ailleurs que dans son répertoire?
J'ai regardé sur le site, mais n'ai pas trouvé un exécutable.

Et si ce que tu dis plus haut est juste : .....j'ai installé dans un répertoire Documents/tools/BWA......
La ligne de commande du Path est erronée. Elle devrait être :

echo 'export PATH=$PATH:/User/monmac/Documents/tools/BWA' >> /User/monmac/.bash_profile

Écrit par : teddy7545 13 Jan 2019, 19:26

Bonsoir

Ton Path doit être ajouté dans /etc/paths
Regarde https://www.architectryan.com/2012/10/02/add-to-the-path-on-mac-os-x-mountain-lion/ comment procéder.

Après avoir ajouté ton chemin, ouvres une nouvelle fenêtre de terminal pour vérifier avec la commande