Script de conversion de donnees [TRANSFERE] |
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Script de conversion de donnees [TRANSFERE] |
6 Jan 2013, 23:25
Message
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Nouveau Membre Groupe : Membres Messages : 29 Inscrit : 26 Dec 2012 Membre no 181 478 |
Bonjour a toutes et tous,
Je debute dans la programmation tres basique pour mes besoins professionnels (je suis un jeune medecin et post-doc actuellement en Californie) donc merci de votre indulgence et de vos precieux conseils. Je cherche a automatiser la conversion de mes donnees via un script. Mes donnees sont des suites aleatoires de lettres (code a 4 caracteres e.g. 'ATGAAACTGGCCCCC(...)' ou bien >20 differents caracteres "WSGRHTBTRHDTH(...) faisant reference a des nucleotides ou des acides amines). Il n'y a pas d'espaces entre eux et souvent ils sont organises dans le format suivant: ">NOMDUPATIENT1 ATGAAACTGGCCCCC(...........) >NOMDUPATIENT2 TTGACCCTGGCCCCCAATTTTTGCCC(...........)" Je souhaiterais pouvoir obtenir #1.un fichier txt compatible csv avec une lettre par cellule sous cette forme: ">NOMDUPATIENT1 A T G A A A... >>NOMDUPATIENT2 T T G A C C C T G..." Dans un deuxieme temps en remplacant les lettres par des chiffres avec un code simple (A=1, T=2, C=3, G=4 pour les nucleotides et A=1, B=2, C=3, D=4 (...) pour les acides amines) PS: les fichiers d'origine contiennent SOIT des nucleotides SOIT des Acides amines Merci de vos lumieres Take care Ce message a été modifié par ANTOINEfromUCSD - 8 Jan 2013, 05:45. |
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